Der genaue Zeitpunkt der Gründung läßt sich nicht ermitteln. Die älteste sichere Nachricht über Pfaffendorf stammt aus dem Jahre 1468 (Privilegienbuch 265). Heinrich Reuß von Plauen verschrieb am Tage des Heiligen Papstes Gregorius dieses Jahres 271½ H den Gebrüdern Friedrich, Günther und Balthasar Küchmeister von Sternberg. Unter diesen Gütern ist auch Pfaffendorf (40 H) genannt. Das Gut blieb bis etwa zur Mitte des 17. Jahrhunderts im Besitz der Familie Küchmeister von Sternberg. Am 9. April 1645 verkaufte Hans Günther Küchmeister seinen Anteil an Pfaffendorf (38½ H) wie auch seinen Anteil an Grodzisken an Albrecht von Habicht (Lehnbuch 427). 1652 erwarb Christoph von Birkhagen 15 H dieses Gutes. 1713 wurde Pfaffendorf geteilt zwischen Stach von Goltzheim und der Familie von Taubenheim. 1753 besaß Johann von Wawrowski 20 H, der andere Teil (Größe: 20 H) war unter neun Kölmer aufgeteilt. In der Mensguther Prästationstabelle 1762 werden neun Kölmer erwähnt. Im Jahre 1800 besaß Friedrich von Hertzog 20 H, die anderen 20 H waren unter acht Kölmer aufgeteilt.
Nach der Matrikel der ostpreußischen Landschaft (Verzeichnis der über 100 ha großen Güter des Kreises Ortelsburg) gab es:
1. Rittergut Pfaffendorf A (1600 M). Eigentümer seit 1900 und früher: Nickel, von Bieberstein, W. von Bieberstein, von Birebersteins Erben, Absiedlung von 250 M, Frau Bellier de Launay.
2. Pfaffendorf B (Gut): Nickel, Quassowski, Becker, Kraemer, Gonssowski, Schacht.
Die Statistik 1913 verzeichnet Gutsbezirk Pfaffendorf (373,6 ha, 73 Einwohner) und die Gemeinde Pfaffendorf (441,3 ha, 219 Einwohner). 1927 wurden der Gutsbezirk und die Gemeinde Pfaffendorf zu einer Landgemeinde zusammengeschlossen.
1939 gab es in Pfaffendort 27 landwirtschaftliche Betriebe: 8: 0,5-5 ha, 6: 5-10 ha, 6: 10:-20 ha, 5: 20-100 ha, 2: über 100 ha. Unter ihnen waren sechs Ausbauhöfe.
Die Aufwärtsentwicklung von Pfaffendorf seit etwa 1925 war von einer lebhaften Bautätigkeit begleitet. Frau Margarete de Launay baute fünf Deputantenhäuser mit je zwei Wohnungen und Wirtschaftsgebäuden. In der Zei von 1926 bis 1936 wurden 14 Bauernhöfe massiv ausgebaut. In der Landgemeinde gab es zwei Gaststätten und Kolonialwarengeschäfte (Ernst Herrendörfer und August Wobbe). Die im Zeitalter Friedrichs des Großen gegründete Volksschule erhielt 1920 einen Neubau. Pfaffendorf hatte seit 1920 Anschluß an die Bahnlinie Ortelsburg-Bischofsburg und besaß eine Poststelle erster Ordnung.
Über das Schicksal der Landgemeinde am Ende des Zweiten Weltkrieges entnehmen wir einem Bericht von Otto Bork folgende Angaben. Beim Einmarsch der Russen im Januar 1945 wurden erschossen: Max Bork und Alfred Schacht. Sechs Pfaffendorfer starben auf der Flucht. 13 Einwohner sind als Wehrmachtangehörige gefallen, zwei Soldaten werden vermißt.
Max Meyhöfer in "Die Landgemeinden des Kreises Ortelsburg" © 1984 by Kreisgemeinschaft Ortelsburg
Höfe:
1. Paul Klobuszenski
2. Gustav Soyka
3. Hedwig Syskowski
4. Hermann Schacht
5. Schule
6. Ernil Sczepan
7. Erich Plewa
8. Emil Thiel
9. Ernst Scbwidder (Molkerei)
10. Johann Schuster
11. August Wobbe
12. Margarete Bellier de Launay (Pächter: Richard Kylau)
13. Gustav Platzek
14. Fritz Plewa
15. Adolf Brudderek
16. Alois Skirde
17. Ernst Herrendörfer
18. August Klafka
19. Fritz Warda
20. Albert Kowitz
21. Gustav Schuster
22. Henriette Kozik
23. Albert Plewa
24. Fritz,Schuster
25. Karl Siegmund
26. Fritz Plewa
27. Gottlieb Scharnowski
Ergänzungsband "Die Landgemeinden des Kreises Ortelsburg" © 1971 by Kreisgemeinschaft Ortelsburg